La idea de que la materia está formada por átomos es muy antigua. En la edad media, a pesar de la oposición general al atomismo debido a la influencia que tuvo Aristóteles, algunos grupos siguieron considerándola una idea interesante, de manera que sobrevivió (Aristóteles rechazó la idea atomística con el argumento de que no podía existir materia indivisible).
Robert Boyle (1627-1691) es recordado principalmente por el estudio de los gases y otras aportaciones a la química y física experimentales. Sin embargo muchos científicos consideran que su principal obra científica es un escrito llamado El químico escéptico (1661) donde sostiene la hipótesis de que la materia está formada por átomos y agrupaciones de átomos en movimiento (ahora las llamadas moléculas).